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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weitere Bieterfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage 1?:
Müssen Bieter in dieser Ausschreibung zwingend Angebote für alle sechs Einzelleistungen einreichen, oder besteht die Möglichkeit, nur für einzelne Einzelleistungen ein Angebot abzugeben?
Außerdem haben wir das Dokument zur Ausfüllung des Angebots mit Angebotspreis leider nicht gefunden. Gibt es ein spezifisches Modell oder eine Vorlage, die wir hierfür verwenden sollen?

? Antwort: Ein Angebot muss für alle sechs Einzelleistungen eingereicht werden. Die Aufteilung in Lose ist hier nicht möglich, da eine identische Behandlung der Proben erforderlich ist, was eine Aufteilung in Mengenlose unmöglich macht. Die Vergleichbarkeit der Proben ist von zentraler Bedeutung.
Es gibt keine Vorlage für die Angebotsabgabe. Wie der Inhalt und der Preis des Angebots abgegeben werden soll, entnehmen Sie bitte der Leistungsbeschreibung.


?Frage 2?:
Können die ready-to-load Library Pools gemeinsam sequenziert werden oder tragen diese identische Indizes so dass die Library Pools jeweils separat sequenziert werden müssen? Sie schreiben, dass ein Library Pool aus maximal 96 Illumina Indizes besteht, verwenden sie dabei immer die gleichen Indizes oder werden sie darauf achten, dass bei Lieferung von mehreren Pools gleichzeitig (z.B. ddRAD) unterschiedliche Index-Sets verwendet werden?

? Antwort: Die 96 Indices sind immer identisch, d.h. es können nicht mehrere Pools auf einer Lane sequenziert werden.


?Frage 3?:
Es gibt inzwischen von Illumina keinen TruSeq Stranded Total RNA Kit mehr, der eine Depletion von Bakterien beinhaltet. Das neue Kit von illumina nennt sich Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus. Kann dieses Kit verwendet werden? Alternativ kann ein TruSeq Stranded Total RNA Kit mit einem Illumina Ribo-Zero Plus rRNA Microbiome depletion kit oder einem Illumina Ribo-Zero plus rRNA Depletion Kit kombiniert weren. Können sie bitte genau spezifizieren, welches Kit bzw. welche Kombination verwendet werden soll?

? Antwort: Bisher wurde "TruSeq Stranded RNA with Ribo-Zero" für die Metatranskriptome verwendet. Mehr Informationen haben wir darüber nicht.



Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten eine Bieterfrage, welche bereits mit unserer "Antwort zu Bieterfragen" am 28.04.2025 um 15:49 Uhr beantwortet wurde. Da die Antwort besonders relevant für die Angebotsabgabe aller Bieter ist, möchten wir Sie hiermit mit der Bitte um Beachtung noch einmal gesondert darauf hinweisen:

?Frage 2?:
Können je nach Batchanzahl mehrere Optionen im Angebot angegeben werden? Wenn ja, wie soll mit dem Gesamtpreis verfahren werden? soll der Maximalpreis berechnet werden?

? Antwort: Es handelt sich um eine weitere Frage zu die Antwort zu Frage 4 von "Antwort zu Bieterfragen, 28.04.2025 12:57 Uhr". Bitte geben Sie ein Angebot mit 3 Batches ab.

Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weitere Bieterfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage 1?:
- Welche Organismen (Stamm/Ordnung e.g. Bakterien) sind bei der Metatrankriptomik zu erwarten?

? Antwort: Amphipoden, Gammarus pulex oder Gammarus fossarum.

- Wäre für die Metatranskriptomik auch eine Sequenzierung mit 2x150 bp (entrspräche für 60GB 200M read pairs) in Ordnung?

? Antwort: Ja.


?Frage 2?:
Können je nach Batchanzahl mehrere Optionen im Angebot angegeben werden? Wenn ja, wie soll mit dem Gesamtpreis verfahren werden? soll der Maximalpreis berechnet werden?

? Antwort: Es handelt sich um eine weitere Frage zu die Antwort zu Frage 4 von "Antwort zu Bieterfragen, 28.04.2025 12:57 Uhr". Bitte geben Sie ein Angebot mit 3 Batches ab.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weitere Bieterfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage 1?:
Frage zu den Einzelleistungen 1, 3, 4, 5 und 6: kann die Sequenzierung auch auf alternativen Plattformen (z.B. DNBseq) angeboten werden, oder ist die Sequenzierung mittels Illumina Technologie zwingend?

? Antwort: die Sequenzierung ist mittels Illumina Technologie zwingend, da bisher wir nur mit Illumina und alle Laborabläufe sind darauf zugeschnitten arbeiten. Für die Wissenschaft ist eine präzise Standardisierung zumindest innerhalb einer Experimentalserie zwingend nötig. Entsprechend wichtig ist es, dass wir innerhalb eines Experiments keinen Wechsel der Anbieter durchführen. Sofern die Probenvorbereitung von unserer Seite aus identisch bleibt und der Anbieter diese Librarys mit Nachweisbar gleicher Fehlerrate auf einer alternativen Plattform sequenzieren will, wäre das möglich.


?Frage 2?:
- Sie haben nach dem Illumina-Kit mit Ribo-Zero Plus Microbiome-Kit gefragt. Welche Beweise sind erforderlich, um zu zeigen, dass ein Kit den von Ihnen genannten Kits entspricht?

? Antwort: Es wird zwingend das Ribo-Ziro Plus Microbiome kit für Vergleichbarkeit benötigt. Weiterhin entnehmen Sie bitte auch die Antwort auf die?Frage 1?.


- Sie verlangen nur 120 ng für das PCR-freie DNA-Kit von Illumina, was weit unter den eigenen Spezifikationen von Illumina im Handbuch liegt.

? Antwort: In anderen Projekten haben wir den Input erfolgreich auf bis zu 10 ng reduzieren können, ohne, dass dies die Ergebnisse beeinflusst hätte. Wir arbeiten mit Umweltproben (hauptsächlich Sedimente) und können nur einen gewissen Extraktionserfolg (in diesem Fall 120 ng) garantieren.


- Sie fragen nach einer Sequenzierung mit 200 Zyklen (2 x 100 bp). Ist das in Ordnung, wenn wir 2 x 150 bp sequenzieren und die Reads nach Bedarf kürzen?

? Antwort: Ja.


- Wie ist die DNA- und RNA-Qualität der Proben, die Sie einsenden? Sind DNA mit einem DIN von 7,0 oder höher und RNA mit einem RIN von 7,0 oder höher (ausgenommen FFPE-Proben usw.)?

? Antwort: ja, das Garantieren wir.


- wird es degradierte Proben geben?

? Antwort: Keine degradierten Proben.


?Frage 3?:
In den Ausschreibungsunterlagen befindet sich nur das Formular 324 EU. Gibt es ein Muster zur Ausfüllung des inhaltlichen Angebots mit Angebotspreis?

? Antwort: Alle Dateien stehen unter "Vergabeunterlagen" zur Verfügung. Das Formular 324 EU ist nicht die einzige Unterlage. Falls Sie technische Schwierigkeiten haben, wenden Sie sich bitte mit dem Vergabemarktplatz an den Cosinex-Support. Wie der Inhalt und der Preis des Angebots abgegeben werden sollen, entnehmen Sie bitte in der Leistungsbeschreibung.


?Frage 4?:
Können Sie vorhersehen, ob die 12 ddRAD Pools in einem Batch geliefert werden oder ob auch hier einzelne Pools geschickt werden?

? Antwort: Vermutlich 1 batch, maximal jedoch 3.



Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weitere Bieterfrage, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

dürfen die Proben die EU verlassen und die Services außerhalb der EU erbracht werden?
? Antwort: Ja, solange die TAT von 40 Tagen nicht überschritten wird und sich der Dienstleister um jegleichen Export/Import Vorgänge kümmert. Der Versand der Proben sollte sich für uns innerhalb der EU abspielen, wie die Proben dann zur Sequenzierung weitergeleitet werden obliegt dem Dienstleister.

- Bestätigen Sie, dass das Kit "Illumina(R) Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome kit (#20072063)" genutzt werden muss?
? Antwort: Ja. Es sei denn, der Dienstleister kann nachweisen, dass eine vorgeschlagene alternative Methode zu einem identischen Ergebnis führt.

- Bestätigen Sie, dass 200M PE reads (~60Gb Rohdaten) pro Probe Ihrem Projektziel entsprechen?
? Antwort: Die Spezifikationen sind in der Leistungsbeschreibung angegeben.

- Für den Service 1 Read-to-Load-Sequenzierung Amplicon-Sequenzierung werden mindestens 12 Pools (mit insgesamt 13.000 Libraries mit jeweils 500.000 Reads) erwähnt. Werden Sie ~1083 Libraries in einen Pool multiplexen? Sind die 1083 Libraries mit eindeutigen i5/i7-Indizes oder mit zusätzlichen Inline-Barcodes versehen?
? Antwort: Wir werden bis zu 2304 Librarys in einem Pool multiplexen. Diese werden mit maximal 96 verschiedenen Illumina Index Sequenzen markiert und sollen nach diesen demultiplexed geliefert werden. Das demultiplexing nach Inline-Barcodes machen wir selbst.

Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten eine weitere Bieterfrage, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

Sind die Proben für die Sanger-Sequenzierung bereits vollständig (BigDye+Primer+PCR Produkt), sodass lediglich die Sequenzierung auf dem Kapillarsequenzer nötig ist? Oder müssen die Proben noch in irgendeiner Form aufbereitet werden?

? Antwort: Wir schicken 5 uL PCR Produkt gemischt mit 5 uL Primer (2.5 uM Endkozentration).


Weiterhin gibt es hier noch einen kurzen Nachtrag zu ?Frage 6?von der letzten Nachricht:

?Frage 6?:
Müssen zwingend die in der Bekanntmachung genannten Library kits verwendet werden?

? Antwort: Ja, insofern der Anbieter nicht nachweisen kann, dass das von alternativ vorgeschlagene Kit zu vergleichbaren Ergebnissen führt.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weiteren Rückfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage 1?:
Können sie grob abschätzen, ob die verschiedenen Einzelleistungen dann jeweils zusammen zu bestimmten Zeitpunkten geliefert werden oder ob die Einzelleistungen völlig unabhängig zu zu unterscheidlichen Zeitpunkten geliefert werden?

? Antwort: Die Proben werden etwa gleichverteilt über die 4 Jahre geliefert, wobe wir in Jahr 2 und 3 die meisten Proben erwarten. Wir würden eine 20-30-40-10 %tige Schätzung für die 4 Jahre annehmen.


?Frage 2?:
Haben sie eventuell ein konkretes Liefer-Schema, dass sie zur Verfügung stellen können?

? Antwort: Das ist, stand jetzt, noch nicht absehbar. Denkbar wäre z.B. einen Liefertermin pro Monat anzubieten, den wir gegebenenfalls stornieren können, wenn noch keine Proben vorliegen.


?Frage 3?:
Werden jeweils ein fertiger Library-Pool einer Einzelleistung oder mehrere Pools einer Einzelleistung bzw. mehrere Pools verschiedenen Einzelleistungen zum gleichen Zeitpunkt versendet?

? Antwort: Letzteres. Bei mehreren Pools die zeitgleich fertig werden, handelt es sich in der Regel um die selbe DNA, welche dann mit verschiedenen Primern amplifiziert und sequenziert werden muss. Dann werden alle Library-Pools für diese DNA zeitgleich fertig und werden auch alle die selben Index-Sequenzen haben. Die genutzten Index-Sequenzen können aus der folgenden Publikation entnommen werden: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.14023 wie der Dienstleister die Proben auf die Sequenzierläufe läd ist ihm überlassen.


?Frage 4?:
Die Anzahl der Library-Pools der Einzelleistung "Amplicon Sequenzierung mit 600 cycles paired-end (2x300 bp)" ist unklar. Sie schreiben: "Insgesamt müssen 26.500 Libraries mit je 100.000 Reads sequenziert werden. Diese werden in mindestens 24 Library Pools vorbereitet, je nach Verfügbarkeit der Proben aber auch in mehr als 12. Insgesamt werden also 2.650.000.000 Reads benötigt." Sind es mindestens 24 oder mindestens 12 Library-Pools?

? Antwort: Entschuldigen Sie bitte diesen Fehler. Es handelt sind um mindestens 24 Pools.
? Die Leistungsbeschreibung wurde aktualisiert und die Änderung in grün markiert. Die aktualisierte Datei liegt unter "Vergabeunterlagen" zur Verfügung vor.


?Frage 5?:
Kann grob abgeschätzt werden, in wie vielen Batches die Lieferung der Proben erfolgen wird? Vor allem zu Sanger, Metagenomen und RNA-Sequenzierungen?

? Antwort: Bei Sanger ist der mindest Batch eine Platte. Metagenome und RNA-Sequenzierungen werden etwa gleichverteilt auf die Jahre 25 - 26 - 27 in einem Batch geschickt.


?Frage 6?:
Müssen zwingend die in der Bekanntmachung genannten Library kits verwendet werden?

? Antwort: Ja.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

wir erhielten die weiteren Rückfragen, die wir Ihnen hiermit mitteilen und beantworten möchten:

?Frage i? Reads pro pool (1a-b)
Gefordert werden total 6500 Mio reads für 12 pools. Dies entspricht ca. 550 Mio Reads per Pool. Sind hiermit Read Pairs (550 Mio R1 + 550 Mio R2) oder Reads (275 Mio R1 + 275 Mio R2) gemeint?

? Antwort: Read-Pairs (550 Mio R1, 550 MioR2), bzw. Cluster.

?Frage ii? Reads pro pool (1c)
In Analogie zu (i): Handelt es sich um 110.4 Mio Read Pairs (110.4 Mio R1 + 110.4 Mio R2) oder Reads (55.2 Mio R1 + 55.2 Mio R2) pro Pool handelt. Ist es möglich die 2 x 250 bp Sequenzierung auf einem NovaSeq durchzuführen? Insbesondere auch, weil im Rahmen eines 2 x 300 bp Laufes die Sequenzierqualität deutlich abfällt.

? Antwort: Auch hier handelt es sich um Read Pairs.
Unser Fragment ist zu lang für 2x250 bp. 2x300 bp sind zwingend notwendig. MiSeq i100 und NextSeq sind weitere Möglichkeiten für 2x300 bp Sequenzierung.

?Frage iii? mRNA sequencing (6)
Soll hier ein polyA enrichment gemacht werden oder ist ebenfalls eine ribo-depletion notwendig?

? Antwort: So wie es das angegebene Kit vorsieht.

?Frage iv? Minimale Batchgrössen (1-6)
Was sind die minimalen Batchgrößen für alle Positionen 1-6?

? Antwort: Die Ready to load Librarys werden einzeln gesendet, sobald fertig gestellt. Die Sanger Sequenzen kommen alle zusammen. Die Metagenome und Transkriptome kommen in 3 etwa gleich großen Batches verteilt auf 25, 26, und 27.
Die minimalen Batchgrößen sind:
1. Read-to-load Sequenzierung: 1 Pool
2. Sanger Sequenzierung: einzelne 96-Well Platten
3. Ready-to-load Sequenzierung: 1 Pool
4. Shotgun Metagenomics Sequenzierung: 60 Proben
5. Total RNA Sequenzierung: 60 Proben
6. mRNA Sequenzierung: 60 Proben

?Frage v?
Wenn pro Amplicon Pool 550 Mio resp. 115 Mio Reads benötigt werden, so besteht die Frage, ob ein Preis nicht per Probe bzw. pro Amplicon Pool angegeben werden sollte und nicht per Mio Reads.

? Antwort: Nein, weil das Pooling von uns flexibel gestaltet werden muss. Somit ist es unmöglich einen Preis pro Probe / Pool anzugeben, weil wir entscheiden ob 12 oder 24 Pools geschickt werden.

?Frage vi?
Werden auch Teilprojekte 1-6 ausgeschrieben oder gehen alle Teilprojekte nur als Ganzes an einen Bieter?

? Antwort: Alles Projekte gehen an einen Bieter.

Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle

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Sehr geehrte Damen und Herren,

es haben uns folgende Bieterfragen erreicht:

F1:
Was ist die erwartete TAT?

F2:
Gibt es Bedingungen für eine bestimmte Dauer der Probenlagerung?

F3:
Welche Ergebnisse/Lieferungen werden erwartet?

Unsere Antworten darauf lauten:

zu F1:
Das ist der erste Satz der Leistungsbeschreibung: 40 Tage ab Erhalt der Proben.

zu F2:
Nein, außer für die Metagenomsequenzierungen, bei denen wir den Rückversand der Proben erwarten. 4. vii)

zu F3:
5ter Punkt der Einleitung:
Die Lieferung erfolgt in Form von FASTQ Dateien, das Demultiplexing nach Index-Reads wird vom Dienstleister vorgenommen.


Mit freundlichen Grüßen
Vergabestelle der UDE

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